สัตว์ประหลาดหน้าตาคล้ายก็อตซิลล่าที่เรียกว่า “ไคจู” ปรากฏตัวทั่วญี่ปุ่นมาหลายปี เพื่อต่อสู้กับสัตว์ร้ายเหล่านี้หน่วยทหารชั้นแนวหน้าที่รู้จักกันในชื่อ กองกำลังป้องกันต้องเสี่ยงชีวิตทุกวันเพื่อปกป้องพลเรือน เมื่อฆ่าสิ่งมีชีวิตแล้วก็ทิ้งไว้ให้ “สวีปเปอร์” ซึ่งทำงานภายใต้ชื่อบริษัทเก็บกวาดซากไคจู จัดการเก็บกวาดซากของมัน
ฮิบิโนะ คาฟก้า ชายหนุ่มวัย 32 ปีไม่ชอบงานสวีปเปอร์ของตัวเอง ในวัยเด็กเขาฝันจะเข้าร่วมกองกำลังป้องกันและฆ่าไคจู แต่หลังจากพลาดไปหลายครั้งจึงล้มเลิกความฝันและถอดใจหันไปหางานธรรมดาที่จ่ายค่าแรงเหมาะสม ทว่าเมื่อมีเด็กหนุ่มวัย 18 ปีผู้มีความทะเยอทะยานนาม อิจิคาวะ เรโน่ เข้ามาร่วมทีมของเขาก็กระตุ้นความใฝ่ฝันของคาฟก้าที่จะเข้าร่วมกองทัพกลับมาอีกครั้ง
ทว่าหลังผ่านเหตุการโชคร้าย ขณะที่กำลังพูดคุยกับสวีปเปอร์รุ่นน้อง คาฟก้าเผชิญหน้ากับปรสิตประเภทไคจูที่พุ่งเข้าไปในปากของเขา ทำให้เขากลายเป็นไคจู ด้วยพลังที่เพิ่งค้นพบ คาฟก้าจึงตั้งเป้าในความพยายามครั้งสุดท้ายเขาว่าจะปกป้องโลกนี้ให้ได้ด้วยพลังที่มีของเขา แต่โลกใบนี้จะต้องการไคจูแบบเขาอย่างนั้นหรอ?
